問答題在修建商業(yè)中心的東方商場和商業(yè)大廈工程中，開挖基礎坑時，發(fā)現(xiàn)大量化石和古人類文明遺址，經有關部門及專家鑒定為遠古類人猿活動遺址，有重大考古價值，經國家有關部門和業(yè)主協(xié)商決定在該處進行發(fā)掘工作，并與承包方協(xié)商后決定由承包方抽調部分力量參與與文物發(fā)掘工作。經過40天發(fā)掘工作基本結束。為此，承包方向發(fā)包方提出要求補償參與考古發(fā)掘工作的直接費用48萬元，由于工程暫停和延期造成的勞動力和機械設備閑置等損失32萬元、20％管理費和10％利潤，以及延長工期40天。當在施工中發(fā)現(xiàn)地下化石及文物后，工程師應該按照什么程序處理？