某酒店工程，建筑面積28700m²，地下1層，地上15層，現(xiàn)澆鋼筋混凝土框架結(jié)構(gòu)。建設(shè)單位依法進(jìn)行招標(biāo)，投標(biāo)報(bào)價(jià)執(zhí)行《建設(shè)工程工程量清單計(jì)價(jià)規(guī)范》GB50500-2013。共有甲、乙、丙等8家單位參加了工程投標(biāo)。經(jīng)過公開開標(biāo)、評(píng)標(biāo)，最后確定甲施工單位中標(biāo)。建設(shè)單位與甲施工單位按照《建設(shè)工程施工合同（示范文本）》（GF-2013-0201）簽訂了施工總承包合同。
合同部分條款約定如下：
（1）本工程合同工期549d；
（2）本工程采取綜合單價(jià)計(jì)價(jià)模式；
（3）包括安全文明施工費(fèi)的措施費(fèi)包干使用；
（4）因建設(shè)單位責(zé)任引起的工程實(shí)體設(shè)計(jì)變更發(fā)生的費(fèi)用予以調(diào)整；
（5）工程預(yù)付款比例為10%。
工程投標(biāo)及施工過程中，發(fā)生了下列事件：
事件一：在投標(biāo)過程中，乙施工單位在自行投標(biāo)總價(jià)基礎(chǔ)上下浮5%進(jìn)行報(bào)價(jià)。評(píng)標(biāo)小組經(jīng)認(rèn)真核算，認(rèn)為乙施工單位報(bào)價(jià)中的部分費(fèi)用不符合《建設(shè)工程工程量清單計(jì)價(jià)規(guī)范》GB50500--2013中不可作為競爭性費(fèi)用條款的規(guī)定，給予廢標(biāo)處理。
事件二：甲施工單位投標(biāo)報(bào)價(jià)書情況是：土石方工程量650m³，定額單價(jià)人工費(fèi)8.40元/m³、材料費(fèi)12.00元/m³、機(jī)械費(fèi)1.60元/m³。分部分項(xiàng)工程量清單合價(jià)為8200萬元，措施費(fèi)項(xiàng)目清單合價(jià)為360萬元，暫列金額為50萬元，其他項(xiàng)目清單合價(jià)120萬元，總包服務(wù)費(fèi)為30萬元，企業(yè)管理費(fèi)15%，利潤為5%，規(guī)費(fèi)為225.68萬元，稅金為3.41%。
事件三：甲施工單位與建設(shè)單位簽訂施工總承包合同后，按照《建設(shè)工程項(xiàng)目管理規(guī)范》GB/T50326--2006進(jìn)行了合同管理工作。
事件四：甲施工單位加強(qiáng)對(duì)勞務(wù)分包單位的日常管理，堅(jiān)持開展勞務(wù)實(shí)名制管理工作。
事件五：在基坑施工中，由于正值雨期，施工現(xiàn)場(chǎng)的排水費(fèi)用比中標(biāo)的費(fèi)用超出3萬元。甲施工單位及時(shí)向建設(shè)單位提出了索賠要求，建設(shè)單位不予支持。對(duì)此，甲施工單位向建設(shè)單位提交了正式的書面索賠報(bào)告。
問題